何食わぬ顔で普通の生活をしているサラリーマン、吉良吉影。彼こそがサイコな殺人鬼なのだ！　吉良が持つ、殺した女の手が入った袋を重清少年が間違って持って行ってしまった。重清が危ない…！

仗助は破壊したものを修復するスタンドを持っていた。そして町のどこかに弓と矢を使って悪のスタンド使いを増やしている者がいるのだ！　仗助は荒れた屋敷に住む虹村兄弟と対決する…！

朝の街角で仗助たちと吉良の市街戦が始まった。家の中に逃げ込んだ仗助たちに吉良の放つ「空気爆弾」が迫る！　何故か正確に位置をつかんで発射される、爆弾の脅威にさらされる仗助たちは…！？

吉良はエステティシャンの力で別人に顔を変え町の中に消えた…。亡霊となった吉良の父親が持つ「弓と矢」の力でスタンド使いとなった少年がジャンケン勝負を露伴に挑んできた。勝負の行方は…？

ディオのスタンド、「世界」は時を止める恐るべき能力だった。花京院に続き、ジョジョも「世界」の犠牲になろうとしていた。その時ジョジョの指が動いた。長い戦いに終止符が打たれるのか…！？

砂漠を越え、エジプトを行くジョジョ一行にちょっと間抜けなオインゴ・ボインゴ兄弟が迫るが、あえなく敗退…。だが今度は持った者を操る妖刀のスタンド、「アヌビス神」がポルナレフを襲う…。

決死の覚悟でディオの館に突入したポルナレフ、アヴドゥル、イギー。そこには暗黒空間を作り出すヴァニラ・アイスが潜んでいた！最初にアヴドゥルが暗黒に飲み込まれ、消滅してしまったが…！？

「弓と矢」のことを聞いたジョセフが杜王町にやってきた。今や、すっかり老人となってしまったジョセフと仗助との間に気まずい空気が流れる。そんな二人が拾ったものは何と透明の赤ん坊だった！

再び「矢」に射抜かれた吉良に新しい能力が備わった！　新能力「バイツァ・ダスト」を仕掛けられ、早人に接触した露伴は爆死！　スタンドに操られ同じ朝を何度も繰り返す早人の心にある決意が！

１９世紀末、英国貴族、ジョースター卿は恩人の息子、ディオを養子にする。だがディオは本当の息子、ジョナサン（ジョジョ）を退け、財産の横取りを計画。謎の石仮面でジョジョを殺そうとする。